不同质料的念珠，在持诵修行时所获功德不同。据《佛说校量数珠功德经》所载，不同材料的念珠差异如下：
质料—— 功德倍数铁—— 五倍赤铜—— 十倍珍珠、珊瑚—— 百倍木槵子—— 千倍莲子—— 万倍因陀罗怯义(青色宝石) —— 百万倍金刚子—— 千万倍水精(晶)—— 万万倍菩提子—— 无量数
修不同的法使用不同的念珠，在密宗修持中，据《金刚顶瑜珈念珠经》载：“佛部念诵菩提子，金刚部法金刚子，宝部念诵以诸宝，莲花部珠用莲子，羯磨部中为念珠，众珠间杂应贯串。”这是指唐密(也就是汉地密教，由唐朝开元年间善无畏、金刚智、不空三大十传来中土)中修法中分为五大部即佛部、金刚部、莲花部、宝部、羯磨部，每一部有五大类真言，三密(身、口、意)修行方法有其仪轨，因此使有不同质量的念珠，所获功德也有差异：
质料—— 功德倍数砗磲 —— 一倍木槵子 —— 二倍铁—— 三倍熟铜—— 四倍水晶、珍珠、诸宝—— 百倍帝释子—— 千倍金刚子—— 俱胝(十万)莲子——俱胝(万万)菩提子——无量数
