二者出处不同，内容不同。
1、出处区别。
《大悲咒》出自“伽梵达摩”所译的《千手千眼观世音菩萨广大圆满无碍大悲心陀罗尼经》，全名为《广大圆满无碍大悲心陀罗尼》。按照内容文字的多少，《大悲咒》有广、中、略三种不同的版本。
心经全称《摩诃般若波罗蜜多心经》，略称《般若心经》。汉传佛教通行版为玄奘译。这部经在佛教三藏中的地位殊胜，就相当于释迦牟尼佛的心脏一样，收于大正藏第八册。
2、内容区别。
现今通行的“伽梵达摩”84句《大悲咒》，其经本以《大正藏》的底本为依据，是一个变化差异较大的晚期增改本，并非“伽梵达摩”译本的原始面貌。除此类藏经外，还有一些很重要且更准确的可参考文献。如与译经年代较接近的敦煌抄本、房山石经，以及与汉译本多有一致的西藏大藏经等。
《大悲咒》在汉传佛法中具有极其重要的意义。自唐代翻译《大悲心陀罗尼经》之后，《大悲咒》即广为弘传，并被纳入汉地丛林功课。
而心经则将内容庞大之般若经浓缩，成为表现”般若皆空“精神之简洁经典。全经举出五蕴、三科、十二因缘、四谛等法以总述诸法皆空之理。“色即是空，空即是色”一语，即是出自本经。
般若，智慧也。波罗蜜，到彼岸也。多，定也。经，径也。言此经乃定心之径路也。此经以单法为名。实相为体。观照为宗。度苦为用。大乘为教相。此五者。经中所说之旨也。单法者。即般若波罗蜜多也。实相者。即诸法空相也。观照者。即照见五蕴皆空妄也。度苦者。即度一切业报苦厄也。大乘者。即菩萨所行甚深般若也。
其实我们若是多多了解大悲咒的话也是很好的，比如大悲咒是哪个法门，这样我们修行佛法的时候不至于走弯路。以上只是本人的个人观点，若是有什么不正确的地方还希望诸位师兄多多包涵。
